Công đoàn Công ty được thành lập khi thành lập Công ty CP Thoát nước và Xử lý nước thải Bắc Ninh bắt đầu chính thức đi vào hoạt động (tháng 11 năm 2015). Hiện đang trực thuộc Công đoàn ngành Xây dựng Bắc Ninh.
Chủ tịch HĐQT tặng bằng khen cho người lao động xuất sắc tại Hội nghị người lao động năm 2016
Công đoàn là chỗ dựa vững chắc của Chi bộ đảng, chính quyền trong việc tập hợp trí tuệ và lòng nhiệt tình của đoàn viên công đoàn người lao động, nhằm thực hiện thành công các nghị quyết của Chi bộ Đảng Công ty, là điểm tựa tinh thần quan trọng cho người lao động trong Công ty.
Công đoàn Công ty CP Thoát nước và xử lý nước nước thải Bắc Ninh hiện có 112 công đoàn viên, chia làm 7 tổ công đoàn bộ phận, được sắp xếp theo các lĩnh vực hoạt động khác nhau phù hợp với tình hình công việc thực tế:
1. Tổ công đoàn khối văn phòng công ty
2. Tổ công đoàn đội thoát nước số 1
3. Tổ công đoàn đội thoát nước số 2
4. Tố công đoàn đội thoát nước số 3
5. Tổ công đoàn đội thoát nước số 4
6. Tổ công đoàn Nhà máy xử lý nước thải thành phố Bắc Ninh
7. Tổ công đoàn Nhà máy xử lý nước thải Phong Khê
Ban chấp hành công đoàn có 7 thành viên, bao gồm:
1. Trần Mạnh Thường – Chủ tịch Công đoàn
2. Nguyễn Đức Chiến – Phó Chủ tịch Công đoàn
3. Trương Văn Đại – Ủy viên
4. Nguyễn Ngọc Út – Ủy viên
5. Cao Phan Trường – Ủy viên
6. Nguyễn Văn Quyết – Ủy viên
7. Nguyễn Hương Giang – Ủy viên
Trong những năm qua, Công đoàn công ty luôn được công nhận là Công đoàn Cơ sở vững mạnh, xuất sắc của công đoàn ngành Xây dựng tỉnh Bắc Ninh và được Liên đoàn Lao động tỉnh Bắc Ninh tặng Bằng khen (đã có nhiều hoạt động đại diện, chăm lo cho đoàn viên và người lao động góp phần xây dựng tổ chức công đoàn vững mạnh giai đoạn 2012-2017).