Công ty cổ phần Thoát nước và xử lý nước thải Bắc Ninh tiền thân là Đội Thị chính trực thuộc Phòng Giao thông Xây dựng Nhà đất, UBND thị xã Bắc Ninh, tỉnh Hà Bắc.
- Ngày 31/7/1993, Chủ tịch UBND tỉnh Hà Bắc ký Quyết định số 719/UB về việc thành lập Công ty Quản lý Đô thị Bắc Ninh, trực thuộc UBND thị xã Bắc Ninh, trong đó toàn bộ Đội Thị chính được chuyển về Công ty Quản lý Đô thị Bắc Ninh.
- Ngày 11/03/1998, UBND tỉnh Bắc Ninh (được tách từ tỉnh Hà Bắc năm 1996) ký Quyết định số 16/UB đổi tên Công ty Quản lý Đô thị Bắc Ninh thành Công ty Môi trường và Công trình Đô thị Bắc Ninh; chuyển Công ty này từ hoạt động sự nghiệp thành doanh nghiệp Nhà nước hoạt động công ích.
- Ngày 31/5/2005, Đội Thoát nước gồm 32 CBCNV được tách từ Công ty Môi trường và Công trình Đô thị Bắc Ninh chuyển sang Công ty Cấp thoát nước Bắc Ninh theo Quyết định số 179/QĐ-CT ngày 31/01/2005 của Chủ tịch UBND tỉnh Bắc Ninh.
- Năm 2009, Xí nghiệp Quản lý nước thải thành phố Bắc Ninh được thành lập (từ Đội Thoát nước) theo Quyết định số 485/QĐ-CTN ngày 15/8/2009 của Chủ tịch Công ty TNHH một thành viên Cấp thoát nước Bắc Ninh.
- Ngày 25/9/2015, UBND tỉnh Bắc Ninh ban hành Quyết định số 372/QĐ-UBND về việc thành lập Công ty TNHH một thành viên Thoát nước và Xử lý nước thải Bắc Ninh trên cơ sở tách Xí nghiệp Quản lý nước thải thành phố Bắc Ninh từ Công ty TNHH một thành viên Cấp thoát nước Bắc Ninh. Công ty TNHH MTV Thoát nước và Xử lý nước thải Bắc Ninh là doanh nghiệp 100% vốn nhà nước, thuộc sở hữu của UBND tỉnh Bắc Ninh, Công ty được Sở Kế hoạch Đầu tư tỉnh Bắc Ninh cấp Giấy chứng nhận đăng ký hoạt động theo mô hình Công ty TNHH MTV số 2300898204 cấp lần đầu ngày 21/10/2015.
- Ngày 03/12/2015, UBND tỉnh Bắc Ninh ban hành Quyết định số 500/QĐ-UBND về việc cổ phần hoá Công ty TNHH MTV Thoát nước và Xử lý nước thải Bắc Ninh.
- Ngày 06/09/2016, cuộc đấu giá bán cổ phần lần đầu ra công chúng của Công ty TNHH MTV Thoát nước và Xử lý nước thải Bắc Ninh được tổ chức tại Công ty cổ phần Chứng khoán Quốc tế Hoàng Gia. Tổng số lượng cổ phần chào bán là 195.033 cổ phần. Số lượng cổ phần bán đấu giá thành công là 195.033 cổ phần, giá đấu thành công bình quân là 10.702 đồng/cổ phần.
- Ngày 24/12/2016, Công ty tổ chức thành công Đại hội đồng cổ đông lần thứ nhất Công ty cổ phần Thoát nước và Xử lý nước thải Bắc Ninh.
- Ngày 23/02/2017, Công ty chính thức chuyển sang công ty cổ phần theo Giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp công ty cổ phần số 2300898204 do Sở Kế hoạch và Đầu tư tỉnh Bắc Ninh cấp thay đổi lần thứ nhất ngày 23/02/2017 với vốn điều lệ là 44.175.920.000 đồng.